קיימות שיטות שונות לקביעת שכר הטרחה של מנהל הפרויקט:
1. על בסיס חודשי, ללא הגבלת או הגדרת זמן, בהתאם לגודל הצוות שהוסכם ולפי תעריף העסקת צוות מקצועי כפי שהוא מתפרסם ומתעדכן מזמן לזמן.
2. לפי תעריף אגודת המהנדסים והארכיטקטים בישראל.
3. לפי סכום קבוע מוסכם מראש, בלי להתחשב במשך הביצוע.